随着热西丁卓的战败，南疆全部被匪酋阿古柏占领。属阿古柏己的王庭在阿克苏始动工兴建。马文禄使朝廷早日向新疆进兵，经一番思考，竟主动向清军投降，让了进疆通。清军进驻肃州，关的路通了，收复新疆的步伐加快了。
哲德莎尔伪汗国立不两月，阿古柏知了热西丁卓正在筹办己的六十寿，各城的防守比较松懈，便决定采偷袭的手段热西丁卓攻击。
了麻痹热西丁卓，在宣布哲德莎尔汗国立的候，阿古柏特遣快马给库车的热西丁卓了邀请函，示友。
热西丁卓不仅使热情款待，回赠了丰富的礼品。
热西丁卓凭经验推断，阿古柏在一年内不兵攻击他，因一国建立的同相应建立一套管理机制，码一年的间才够完。
是，在送走阿古柏的使者，热西丁卓放松了警惕，准备轰轰烈烈给己一生日。届，他准备给阿古柏乌鲁木齐的妥明、塔尔巴哈台回城的伊玛木、伊犁的艾拉汗等汗王均邀请函。
热西丁卓，果些汗王肯赏脸他祝寿，那，他就利次机一倡议，推举一位盟主，由盟主领导各汗国清国的战，清军一不剩全部赶新疆，让山南北重新回古老的各王朝割据状态。
热西丁卓兴奋处，索又差遣了百人携带金银赴北疆及俄国采办珍奇，又打了五百人分三路进关采办绫罗绸缎。
他做是了向其他汗王炫耀己属的富有，同是了增加己在各汗王中的份量，盟主的瘾。
库车、库尔勒、乌什、阿克苏、喀喇沙尔各城域虽广，但并不是特别富庶，各城的守军不是特别精壮。经他一折腾，各城原本就不的守军是就越不够了。
但热西丁卓此并不放在，因阿古柏汗国的建立，在很程度吸引了清国的注意力，他不必再驻防新疆的清军日夜担。
同年（公元1867年）夏，阿古柏的两万人马在长子伯克·胡及其金相印的统率，突包围了乌什、阿克苏二城，并很快攻击。
叹乌什、阿克苏二城此有不三千守军，面兵压境，竟无法进行有效抵抗；金相印阿古柏的名义书写的敦促守军投降书递进城，二城很快便竖白旗。
金相印二城守城头目按着阿古柏的指令着人押往喀什噶尔，又守城的军兵连夜融进己的部众，等阿古柏任命的二城守城官，即连夜提兵扑向库车、库尔勒二城。
热西丁卓情知不敌，在金相印的人马赶前，便带身边的人马、粮草及金银等物，仓皇逃往人烟稀少的东路，准备吐鲁番一带称王。
热西丁卓城不久，部众即半叛逃，身边仅剩三百余人。热西丁卓急火攻，很快病倒，部众又有二百余人乘夜携粮草、枪支离。他的两儿子见势已，力逼其父速分珠宝谋生路。
躺在担架的热西丁卓复王业，力持不。
其次子卓愤怒，竟率身边二十几人，在夜半动手，将其兄、父等人排头屠戮，血染沙丘，酿吐鲁番盆一族血案。
热西丁卓次子卓将所有粮草、珍宝悉数盘点，却是老一笔财产，装备三千人的队伍。
卓手现有的支队伍，已不队伍，除眷女佣外，有二十名亲兵。
卓让一名女佣亲兵的头领传进帐篷，他决定向他达向北路拔的命令。
女佣走不久，二十名亲兵却一齐瞪着血红的眼睛挥着马刀冲进。
二次杀戮是拉序幕。
一辰，热西丁卓族不复存在。
至此，阿古柏了南疆片领土的最高统治者。
同年（公元1867年）六月底，志意满的阿古柏动量的人力、物力，始在阿克苏建造真正属己的王庭。
左宗棠所《金军未迅速关折》拜不久，圣旨始陆续抵达肃州。
一旨曰：“据左宗棠所奏，眼目昏花，神恍惚衰态毕臻，特简贤接任陕甘总督篆务。等语。览奏均悉。该臣办理陕甘军务，宣力数年，方渐就肃清，功不日告竣。嗣一切善宜及吏治民生，正赖该臣悉筹度。至新疆军务，诚非从内预布置，从新预调度不。将军关，关内既须重臣镇抚，筹饷、筹粮并筹转运等，尤恃有臣实力实经营布置，庶前敌各营不虞顾。该臣素顾局，谅早筹计及此。应俟甘境敉平，先将饷、兵通盘筹画，据实奏闻。朝廷倚畀方深，岂遽萌退志！左宗棠着赏假一月，安调理。河州、肃州军情，仍着随详悉具奏，慰廑系。”
朝廷明知左宗棠所奏均系实情，但了尽早收复新疆，未敢轻易换帅，赏了左宗棠病假在营调理，但不准缺离任。朝廷做，似无情，但左宗棠说，却分明是一倚重。
二旨曰：“左宗棠奏金顺全军未迅速关一折。称：现在新谷未收，军粮缺乏，骆驼亦值歇厂、怯热，不负重，若展迟两月，八月间拔队西行，局势似较稳慎。等语，所筹亦系实情。惟白彦虎贼股现又窜扰关外，安、敦、玉等处情形紧急，盼兵尤切。金顺仍赶紧部署统军关，相机剿办。一实因粮运、车驼未应，或派拨数营先行进，资接应处，着金顺酌度情形，妥筹办理。金顺需粮食、车驼等项，仍着左宗棠饬令该方官速预备，毋稍延误。”
考虑新疆的实际情况，朝廷同意金顺一军暂缓关。其实是在给左宗棠面子。
就在左宗棠接旨的日，占据肃州的回民头目马文禄，经一番思考，竟缚双臂城赴清军营请罪乞降。马文禄做的目的有一，无非是希望清军够早日关，尽快收复被俄国侵略军、阿古柏侵略军占据的新疆。
马文禄此深明义，倒左宗棠吓了一跳。即满口应允，很快命马文禄统带城内回兵，次城缴械受抚。马文禄一一照办。
刘锦棠统军从四门进入肃州接防，料理善。
一部回众被遣往兰州择安插，一部回众被送往凉州，一部留肃州。
至此，除新疆外，陕、甘两省全境平定。