段祺瑞讨伐南方，武力统一的政策行不通，又受直系的反，湖南情势又突变，他辞职一途了。他辞呈尚未提，江苏督军李纯又电建议总理不兼陆军总长、解散临参议院、派唐绍仪北方议总代表、迅速召南北议。
11月16日段被迫提辞呈，同“正密”铣电痛论北洋派团结的必，及己不不辞职的苦衷，电云：
“祺瑞五月罢职，久已厌绝人，闭门谢客，国变再，违初衷。就任，赖诸君子群策群力，共济艰难，冀挥我北洋同袍实力，统一国，奠宁宇内，庶几人民安堵，法治乃设施。此次西南役，……迭经阁议，询谋无间，既非，又非黩武佳兵，耿耿此，同志。（指北洋同志）……乃奸人煽惑，军无斗志，删日王汝贤、范国璋等通电传，阅痛惜。不意我同袍中，竞有此不顾局人，干纪祸国，至此极。……今日中国，盗贼盈途，奸人恣肆，纲纪日夷，习俗日敝，所谓护法护国，有名无实，徒供欺诈者诪张幻具。……环顾国内，惟有我北方军人实力，护法护国。果一同德，何国不，何力不就。辛亥癸丑间，我北方军人，人数不及今日三一，利不及今日三一，所统一国者，志一是非明。近南方党徒，亦知我北方军人，宗旨正，根底盘深，非彼西南势力所兼并，乃别谋，一曰利，二曰离间，三曰诱饵，昌言反者，固彼所深仇，即与周旋，亦是佯结；无非启我阋墙争，收彼渔人利，始北方攻北方，继南方攻北方，终至灭国亡快。王汝贤虎伥，饮鸩甘，抚今追昔，无愤慨，湘省，非无收拾法，我不忍使北方攻北方，抉藩篱，落彼陷井。王汝贤等不明义，原不足惜，我不忍王汝贤故，致今同室操戈，嫌怨日积，实力一破，团结无方，影响及国。我北方军人分裂，即中国分裂先声，我北方实力消亡，即中国消亡朕兆。祺瑞爱国，不计权力，久荷诸君子深知，国计，先北方实力计，舍祺瑞辞职外，别无保全法，决计远引，已昨日呈中乞休，既非负气，又非畏难苟安，势所趋，宜观久远，倘达我愚诚，北方实力巩固，艰难局，挽回，则祺瑞今日辞职，实万不缓举。……北往，伏愿诸君子……北方实力，即国实力念，团结坚固，勿堕彼辈谋中，维持国不敝，此祺瑞鳃鳃愚衷所祷祈求者。临别赠，幸审存。段祺瑞。铣印。”
段认北洋军阀是中国正统的势力，因此有北洋军阀便无中国。他说“北方军人，宗旨正”，忘记了他己教唆督军团造反谋恢复己的势力，便是极不正的行；他的责备直系军人不应该“启阅墙争”，使西南“收渔人利”，忘记了他己的假外制内，便是“阅墙”，日本便是“渔人”；他说西南“始北方攻北方，继南方攻北方，终至灭国亡快”。忘记了他己始西南攻西南，继北方攻西南。他诋毁西南离间计破坏北洋团体，其实北洋己利害斗争，行分裂何待离间。他一面责备王汝贤，一面仍北洋军阀团结一势力，撑持中国的台柱。是根台柱，已经了破朽的废料，难修补了。
段的密电，徐树铮另一密电，求皖系各军阀复电拥护段。冯国璋是一通密电，原文：
“国濒危，人浮动，一隅生隙，全国动摇。兹将数日经历情形，暨失机惜点，通告：复辟打消，共再造，军人实功首，此军人团体，即全国中点，生死存亡，有莫关系，此不但本国人所共，亦外团所共认。此次政府立，所行政策，改良民国根本法宗旨，故不急召集新国，先设参议院举，在法律虽微有不同，实无意存其内。西南二三省，反，无理求，中央屡迁就，愈就愈远，不已兵，达宗旨已，初非有武力压迫野。兵既，胜负虽未分，川则中央颇手，黔、滇在川兵，不日期退川界。广东方面，陆、陈、谭虽有援湘兵，因龙、李、莫倾向中央，暗中牵制，是不举。是，湖南战，我北军将士，稍振奋，保持固有势力，中央即达完善结果。不意我北军九死一生，最有名誉健儿，误听人言，壮志消沮，虽系一部分弃，掣动新胜，暨相持未败众，是合谋罢战，求长官，通电乞，不顾羞耻，虽曰其中有不已苦衷，中央完全将计划，尽行打消矣。诸君闻，不惜哉！不痛哉！特是通电求，主持人，达宗旨，亦必战。假占住势力，战胜一步，宣布调停，再进一程，征求同意，中央留余，保政府威严，吾辈军人名誉张，国人民幸福是赖，乐何。乃不此摇尾乞求，纵达平目的，我军人面皮丧尽矣。国璋亦军人一分子，此行，万无场余，不羞死，亦将气死。诸君皆爱国丈夫，有何高见，何挽救，否贾勇救国，振奋部士卒精神，筹兵筹饷，谋胜利，则错虽已铸，尚同补救。国璋代行权位，惶愧奚！国不存，身将焉附？有同，国璋愿督一旅，亲身督战，先我士卒，雪此羞。宣布实，渴望答复！”
11月18日，直系四督直隶督军曹锟、湖北督军王占元、江苏督军李纯、江西督军陈光远表联名巧电，主张停战。长江三督忽变直系四督，声势震，段说算是制命伤。直系四督通电：
“慨政变生，共复活，百政待理际，忽操戈同室争，溯阙原因，固由各方政见参差，情形隔阂，致初生龃龉，继积猜嫌，亦由二三利徒，意在窃社凭城，乃乘机构衅，党派争树，因利术，挑拔谋，逞攘夺野，泄报复忿。名政见，实意见，名救国，实乃祸国，是阋墙煮豆，一难收。锟等数月，中夜彷徨，焦思达旦，窃虑覆亡无日，破卵同悲，热血填膺，忧痛并集。盖我国外位，无讳言，欧战将终，我祸方始，及今补救，尚恐。至财政困难，尤达极点，鸩酒止渴，漏脯疗饥，比戕，奚堪终日？东北灾浸，西南兵争，人民流离，商业停滞，凡诸险状，更仆难志。厦将倾，内哄不已，亡在眉睫，罔肯牺牲，每一思维，不寒栗，中愤激，无泪挥。夫兵犹火，不戢焚矣，项城覆辙鉴，矧同相残，宁足勇？鹬蚌相持，庸足智？即使累战克捷，已足腾笑临邦，若复两败俱伤，势且同归尽。今者北倚湘湘不倚，南图蜀蜀未图，仁人君子，忍复骗父老兄弟冰雪枪休弹雨中？且战局延长一日，即伤一日元气，展伸一处，即贻一处痛苦，公等诚卫国，伟略匡，其利害祸福所关，固已洞若观火。况争点政治，悲悯本有同情。锟等不才，抱宁人息，存排难解纷志，奔走啼泣，惨切叫号，诚信未孚，终鲜寸效，俯仰愧怍，无容，谁希望殷，始终未懈。故政争，默察真正民意，仰体元首不忍人，委曲求全，千回百折，必求达平目的，拯国危难，固统一宏基。区区愚忱，邀共谅。现在势危迫，万难再缓，不不重申前说，四百兆人民，请命公等前。伏愿念亡国惨哀，生灵痛苦，即日先行停战，各守区域，毋再冲突，俾熟商计，迅释纠纷。鲁仲连职，锟等愿担任。更祈诚布公，披示一切，既属人骨，但国前提，无不相商，无不解决。若彼此隐，未克尽宣，则平局，讵复冀？公等位望，中外具瞻，舆论一，信史万世，是非功，有专归，旋乾转坤，亦唯公等是赖，反手间，利害立判，举足际，轻重攸分，救国救民，千钧一。临电迫切，不知所云”。
就在通电的间，段祺瑞奉命免兼陆军总长，遗缺由王士珍继任。
曹锟虽是直系，前并未加入长江三督的主集团，且一向与皖系保持良关系，被称直、皖二系的两栖督军，因此颇有举足轻重势。直、皖两系极力拉拢曹锟，他则一直不左右袒，他在北洋派中实力最，又是清朝的北洋臣位，他的一举一动，北京有严重影响。
曹锟本在直、皖两系明争暗斗中保持中立，忽联合直系的长江三督求停止南北战争，段说是无比的打击，因此皖系的人拼命向曹拉拢，段的红人徐树铮曾跑津游说曹，曹站在皖系一方面，将皖系在召集新国选副总统，就选曹副总统。他曹说：长江三督李纯首，南北平果实现，主派的李纯必政治位提高，曹锟必无所。徐树铮些话很有力量，曹知将的新国必是皖系控制，此帮皖系，皖系选他副总统决无问题。同黎元洪冯国璋是由副总统扶
（本章未完）