护法军政府在广州并不意，因桂系不予合，桂系有桂系的打算，他视两广桂系的势力范围，陆荣延希望让湖南北洋派桂系中间的缓冲区。傅良佐入湘桂军便在湘桂边境黄沙河增兵布防。陆荣廷希望北方的直系牵制皖系，使段祺瑞在湖南兵的计划流产。冯国璋曾派密使南宁访问陆荣廷，陆冯的密使表示，国问题并无见，不必须是一国，不北边一，南边又一。至湖南问题则应该恢复原状，划湖南南北军缓冲区，允许湖南治，保证互不侵犯。冯虽同意陆的主张，是段兵冯无法阻止，因此冯陆虽声气相通，是却不阻止段的军行动。
桂系鉴湖南局势严重，直系无力，湘军无力单独抵抗北军，北军果占领全湘，二步目标是两广，因此陆荣廷乃在南宁召集军议，桂系的广东督军陈炳焜奉命邀请护法军政府的海军总长程璧光南宁陆荣廷商兵援湘问题。
10月2日南宁军议幕，陆荣廷慷慨言，痛斥段祺瑞投降日本动内战，号召席全体人员签名宣誓，表示抵抗皖系军阀的决。议决定由两广局陈炳焜、谭浩明、程璧光、李耀汉联合通电，痛斥段祺瑞，列举段的罪行：主使公民团包围国、主使督军团毁法叛国、任意动内战等。同提：（一）迎黎总统复职，（二）恢复国，（三）罢免段祺瑞，（四）撤回湘督傅良佐的任命。最并推定广西督军谭浩明两广护国军总司令，广西兵45营，广东兵35营，共组五军，陆裕光一军司令，林俊廷二军司令，韦荣昌三军司令，马济四军司令，林虎五军司令。军议结束，陆荣廷仍返原籍武鸣养病，暗中继续北方直系通消息。
10月20日谭浩明通电就两广护国军总司令职，誓师援湘。是湖南问题便演变南北战争，次南北战争又称“护法战争”。本段祺瑞的统一南方军行动中，蚕食政策，一步一步，不一始就碰桂系，现在桂系却他张旗鼓讨伐，怎不使他震怒，是他便桂系张挞伐。
段内阁令讨伐桂系，罢免两广巡阅使陆荣廷、广东督军陈炳焜广西督军谭浩明。他刚办两批日本借款，有了钱胆子更壮，因此便有恃无恐决定征湘、平粤、伐桂、讨滇，四任务同并举，拟派卢永祥湘粤方面总司令，驻防山东的五师长张树元继任淞沪护军使；抽调倪嗣冲的安武军20营及张敬尧部七师湖南；另方面唆使琼州的龙济光反攻广东，收买潮汕镇守使莫乘宇、惠州督办张六骥内应；并令福建督军李厚基派兵经海在广东沿海登陆。调奉军、陕军入川协助吴光新、刘存厚攻击滇军。
10月20日两广护国军总司令谭浩明援湘，直系的长江三督江苏督军李纯、湖北督军王占元、江西督军陈光远联名提解决南北问题的四项意见：（一）停止湖南战争；（二）撤回傅良佐；（三）改组内阁；（四）整理倪嗣冲部。是直系正面向皖系炮的行动，是南方桂系相呼应。因四项主张中，一、二两项是反段的武力统一政策，是打击段的威信；三项主张是重申李纯前的求，清除段内阁中的亲日派，就是打击段的从日本方面取军费军火支援。直系些主张，桂系的差不，直系尤其重的，是江苏北部徐州、海州一带的张勋旧部，从倪嗣冲手中夺，削弱皖系主战分子的力量。
直系既桂系相呼应，皖系拉拢了奉系，“新奉王”张霖10月21日马电，敦促北京政府立即讨伐两广。
由长江三督的强烈态度，段感态趋严重，不不皖系将卢永祥留在海，应付长江的意外变，并且进攻西南的计划展延。在皖系中一部分急进派酝酿再一次政变，付冯国璋。从10月旬11月旬，北京谣言炽烈，传说北京军人动政变软禁总统，使冯国璋一夕数惊。
段罢免陆荣廷、陈炳焜、谭浩明的命令需总统盖印，冯却拒绝盖印，他委婉说他希望化，是他又不敢坚持，怕段真的翻脸，10月27日他勉强令，罢免广东督军陈炳焜，派李耀汉兼署广东督军，莫擎字办广东军务，李福林接任广惠镇守使。10月30日又加授李耀汉陆军将衔，莫擎宇进级陆军中将。李耀汉、莫擎宇李福林是广东方派军人。原任广惠镇守使莫荣新是桂系将，是段利广东方派驱逐桂系的釜底抽薪计。冯国璋罢免陆荣廷的命令留中不，使段祺瑞深不满，再度拟了三命令送给冯，一是调陆荣廷宁威将军，着即迅速京；二是特派龙济光接任两广巡阅使；三是责新任广东督军李耀汉严饰桂军回广西。一方面催促冯盖印，一方面加紧散播政变驱逐总统的谣言。
11月6日，冯在漫谣言中，无奈何三命令印铸局盖印表，是他内十分苦恼，懊悔轻易入京空头总统的失策，他气晚饭有吃，了半夜，又派人印铸局三命令追回。段二未见总统命令表，一问印铸局，才知被总统追回，光火，乃（7日）午亲入公府晋见总统，他见冯，一点不客气，声色俱厉责问冯，什讲表的三命令又变卦，总统岂尔反尔？冯面着位气势迫人的总理，哑口无言，答应二表，待段走，冯又命令印铸局。
桂系本倚直系奥援，所不孙中山国民党放在眼中，了冯被迫布陆荣廷等命令，才知直系同盟者在北方是制止不了皖系的。既直系并不桂系的奥援，桂系才伸友谊手国民党握手。
11月10日，陆荣廷梧州主持军议，次议，除了桂系军领袖外，邀请了孙元帅的代表胡汉民、护法军政府代表外次长王正廷、海军总长程璧光、广东省长李耀汉参加。次梧州军议比南宁军议扩了，是一次包括国民党、桂系、广东方军人的联席议。次议的主题是精诚合，共抗北军，同消除内部的隔阂。桂系己担任援湘的正面行动，同求国民党兵福建，辟二战场牵制北军。
国民党才有机表示决定意见，因此提桂系的广东督军陈炳焜不人攫夺省长亲军等问题，陆荣廷立刻接受，建议调陈讨龙济光军总司令，推程璧光广东督军，陈炳焜所接收的省长亲军20营亦拨陈炯明指挥，进攻福建，但须受程璧光的节制。
程璧光在国民党中是一著名的温派，他一向主张联桂系抗北军，桂系推他担任广东督军节制陈炯明，是他比较信赖，国民党不愿在广东督军一职位让桂系难，因此极力敦促陆荣廷己广州主持军。最议中推陆荣廷两广巡阅使兼任广东督军，程璧光海军总长兼任讨闽军陆海联军总司令，辖海军总司令林藻怿，滇军总司令方声涛共同攻闽。陆荣廷表示本人年老病，在养病期派广惠镇守使莫荣新代理广东督军。
桂系不敢倚赖直系谋救，一点有错，因冯国璋在北京真是处境艰难。原北军在湖南四川传捷讯，段认武力平南很容易，紧的是除肘腋患，是皖系中便有“政变倒冯”“合法驱冯”两不同的意见。政变倒冯是由倪嗣冲张霖宣布独立，在津设立临政府，推徐世昌元帅代行总统职权，进兵北京，迫冯台。合法驱冯是迅速立临参议院代立法机关，修改《国组织法》与两院议员选举法，根据些新法召集新国正式改选总统。
政变倒冯是很干脆，但是冯不是黎元洪，冯有长江三督盾，果倪嗣冲张霖难，长江三督一定武力相抗，一，同室操戈岂不是给西南一机。至在津组临政府，正广州的军政府一，且在法律更及不广州的军政府。最值顾虑的，是一，便直系逼梁山，西南联合。段投鼠忌器，不敢走一条路。