永历十五年(顺治十八年，公元1661年)三月初一，郑功在战斗准备工就绪，决定命令他的儿子郑经留守厦门，亲率领军东征。临前，郑功在金门举行了隆重的“祭江”誓师仪式。除了文武将士外，老百姓扶老携幼前参观，并送别亲人。二十三日(公历4月21日)，郑功率军25000人(一说40000人)，战船100艘(一说300艘)，从金门料罗湾，但见帆樯蔽日，旌旗云。数百船舰，首尾鱼贯，浩浩荡荡向东南挺进。二，军达澎湖海面，狂风暴雨突袭。郑功传令船舰暂停前进。但是一连一星期，暴风越刮越，并无稍杀势。有的部将建议继续停泊，但是了早日收复国土，郑功机立断，决定冲破狂风骇浪，按照预定计划，三十日(公历4月28日)晚，令军冒雨从澎湖拔，次日拂晓航抵鹿耳门港外，候潮应风进。
台湾海岸线很长，登陆的点很，郑功选择鹿耳门登陆台湾，是经周密考虑的。鹿耳门位赤嵌城、台湾城附近，一入鹿耳门，就控制赤嵌城及其港口，断敌海路。但鹿耳门形势非常险峻，由鹿耳门外海进港有两条航路：一条是一鲲身北线尾岛中间的南航。条航，口宽水深，但有敌舰防守，荷兰人在台湾城又置重炮控制了航，通，需付很代价。另一条是北线尾岛北部的鹿耳门航，即北航。条航，阔仅许，迂回曲折，水中沙石淤浅，是荷兰殖民者疏防范的一条航。通此航，在赤嵌楼北部的禾寮港登陆。郑功决定从北航突入，他所抉择，一是了解荷军在此并未设防，二是有何廷斌等熟悉航路的人向导，并掌握了该处的潮汛情况。
四月初一中午，鹿耳门海潮涨。郑功“密令何廷斌坐在船头，按图纡回”(江日升《台湾外纪》卷十一)进，使战舰顺利通鹿耳门，进入内海，将船舰分布在台江。荷兰侵略者郑军乎意料的行动感束手无策，惊叫“兵降”。晚，郑军突破海面荷兰夹板船赤嵌楼炮台火力的拦阻，了不两的间，就在赤嵌西北约10的禾寮港登了海岸，切断赤嵌楼与台湾城间的联系，并扎营寨，准备从侧进攻赤嵌楼。台湾各族人民闻讯接踵至，“男妇壶浆，迎者塞”。(杨英《从征实录》)争先恐各运输工具帮助郑军登陆，表现了台湾人民殷切盼望热烈欢迎祖国军队收复台湾的热情。