元朝的前身是蒙古汗国，由吉思汗所建。官制比较简单，实行领主分封制。其办法是，全国牧民按区编十、百、千、万户，各设长统领。万户长、千户长是国功臣，由吉思汗任命，占有不等的封封户。封户平畜牧生产，缴纳赋税，战由领主率领，随汗征。所，领主分封制实质是一军政合一的组织。吉思汗的人财产宫廷务分属四斡耳朵。斡耳朵是宫帐的意思，由吉思汗四妻妾分别管理继承。吉思汗的亲军有10000人，称怯薛军。怯薛是“番直宿卫”的意思，就是宿卫军。他的员称怯薛歹，长官称怯薛长。怯薛除保卫汗外，负责汗的日常生活，并兼办公，处理国务。怯薛组织中汗主管文书的官员称必阇〔du〕赤。必阇赤，意“书史”，参谋国。司法官称扎鲁忽赤，汉译断官。元朝统一中国，国规模超汉、唐，蒙古汗国官制已不适应变化了的形势，了行使有效的国管理，蒙古统治者历代中原王朝官制，特别是金朝官制，所借鉴，形了颇具特色的元朝官制。
元朝中央最重的机构是中书省、枢密院御史台。
元朝不采隋唐确立的三省制度，是沿金朝尚书省制度，更名中书省。中书省是由蒙古汗国侍卫官必阁赤演化，又称省，管理全国政务的最高行政机构。中书省名誉的长官是中书令，由皇太子兼任，称“行中书令”或“领中书令”，但并不常设，元代有四皇太子兼任此职，且“首居重器，未尝”(《秋涧集》卷八四)，“名虽是，实则未闻”(《青崖集》卷四)。实际中书省的长官是右丞相左丞相，总领省，裁夺庶政。元制尚右，右丞相位高左丞相。平章政是丞相的副贰，左右丞、参知政执政官，统称宰执。又有参议中书省，掌管左、右司文牍，并参决军国重。左、右司，各设郎中、员外郎、等官。中书省统领六部。六部皆设尚书、侍郎、郎中、员外郎等。六部职掌与宋朝相仿，惟兵部不掌军政，负责邮传屯牧。至元七年(公元1270年)、至元二十四年(公元1287年)、至二年(公元1309年)，元朝曾三次设立尚书省，与中书省分权，但间不长(三次设置合计八年)，所终元世基本实行的是一省制。
需指的是，元代宰执官名运十分混乱，原因是相长间内被赏功加官，元中期恶展，从京官外官，从文职武职，甚至佞倖、僧类，往往被授予宰执头衔，有前面加“遥授”字，有则径称丞相某某、平章某某，职官、加官颇难分辨。直元朝期，加官宰执头衔才控制。
枢密院是最高统军机构。除怯薛外，“兵甲机密务，凡宫禁宿卫、边庭军翼、征讨戍守、简阅差遣、举功转官、节制调度，无不由”(《元史·百官志二》)。最高长官枢密使，不常设，实际的长官是知枢密院，设同知枢密院、枢密副使、佥枢密院、同佥枢密院、院判、参议等官。元朝枢密院与宋、金枢密院略有不同，即遇有征伐，另在兵处分置行枢密院。行枢密院简称行院，是临的，已则罢。元朝军队分宿卫(戍卫京师)镇戍(镇守全国各)两系统。宿卫军又分怯薛五卫亲军。怯薛军入元仍保留，处功勋军的位，设怯薛长，归皇帝亲统辖。怯薛待遇优厚，元朝高级军政官员身怯薛。所，官员怯薛身者最显贵。五(左、右、中、前、)卫亲军是中央常备军，各设指挥使、副指挥使等官，由枢密院管辖。镇戍军由枢密院调动，有蒙古军、探马赤军、汉军、新附军，其编制万户府、千户所、百户所、牌子四级，分别由万户、千户、百户、牌子头统率。各级军官是世袭，位高文官。
御史台是最高监察机构。忽必烈曾说：“中书朕左手，枢密朕右手，御史台是朕医两手的”(《草木子·杂制篇》)。设官有御史夫、御史中丞、侍御史、治书侍御史。元代御史台位高唐、宋，一改往低品位官员监察高品位官员的传统。御史台直属机构有殿中司内察院。殿中司设殿中侍御史，主管检查朝廷礼仪、考核京官。内察院设监察御史，主管刺探举报各违法，有一定独立，称子的耳目司。元朝在江南、陕西分设行御史台。御史台(内台或总台)与江南行台(南台)、陕西行台(西台)分辖二十二，腹与河南、辽阳二行省八隶内台，江浙、江西、湖广三行省十隶南台，陕西、甘肃、四川、云南四行省四隶西台。每设肃政廉访司(初设称提刑按察司)，置使、副使、佥、经历等员。廉访官分临所管监察，称分司，每年八月至次年四月巡，监察方官吏，复审案件。元代御史台选从总台肃政廉访司的官员(需奏皇帝批准)，在历朝监察官的设置是绝无仅有的，反映了元朝监察制度的特点。
元朝是一放型的政权，重视利中外各宗教加强思统治，因此设有管理宗教务的各机构。最重的是宣政院崇福司。宣政院设院使、副使、同知、佥院、同佥、院判、参议等官，主管全国释教僧徒及吐蕃务。吐蕃著名佛教领袖八思巴曾宣政院一任总领，被尊“帝师”、“宝法王”。吐蕃有，宣政院另设分院往治。崇福司，一度改称崇福院，掌管温(基督教)务，管理本教教士十字寺(教堂)。设官有崇福使、同知、副使、司丞、经历、、照磨等官。据考证，元朝有温教寺院72所。教则由集贤院兼管。江南教由皇帝敕封的正一师掌领。元朝各宗教寺院加保护，主管祭祀典礼的太禧〔xi喜〕宗禋〔yin因〕院同负责寺院的修缮。
元朝称院的机构特别，主有两类。一类设官是院使、同知、副使等。除前面提的几外，有宣徽院，掌管皇帝酒膳及朝廷筵宴。光禄寺是宣徽院的子机构。太常礼仪院，掌管礼乐、祭享宗庙社稷、封赠谥号等。太史院，掌管文历法。太医院，掌管医药各医药机构，同制奉御医药。将院，掌管官府手工业。通政院，掌管全国驿站，分置、两院。典瑞院，掌管皇帝的印玺信物。中政院，掌管皇宫中财政、营造、供给。储政院，初名詹院，掌管辅翼皇太子。另一类设官是各名目的士。有翰林兼国史院，负责拟写诏令，纂修国史。蒙古翰林院，负责翻译文字。集贤院，负责校征集人才，同兼管教、阳、占卜等。辖国子监国子。监负责的教令，设祭酒、司业、丞等官。负责教授生徒，博士领衔管理。又有蒙古国子监蒙古国子，不隶集贤院，归蒙古翰林院管理。奎章阁士院，掌管进呈经史书籍，考校历史，纂修《经世典》。辖群玉内司，掌管图书宝玩；艺文监，主管八思巴文字翻译儒经典。
此外，有称府、称寺、称司、称监的机构。称府的有宗正府，设扎鲁忽赤若干，由诸王长，掌管治理诸王、驸马蒙古、色目人的刑名诉讼，兼管蒙、汉相关的刑狱。侍正府，设侍正府侍、同知，掌管内廷近侍。称寺的机构设卿、少卿。主管斡耳朵的机构。长庆寺、长秋寺、承徽寺、长宁寺、延徽寺等。蒙元皇帝、皇的斡耳朵各有产人户，死由亲族继承。除一类机构外，有武备寺，掌管兵器的制造供应。太仆寺，掌管马政。尚乘寺，掌管皇帝御车马。值注意的是元朝不设理寺，其职掌归入御史台。称监的机构有太府监，设太卿、太监、少监，掌管财务库藏。领内、右、左库藏。水监，设监、少监、丞，掌管河堤渠防。又在方分设河提举司，山东、河南行水监等机构。秘书监，设卿、太监、少监，掌管图书。司监，设提点、监、少监，掌管历象研究及教。又有回回司监，设官同司监，是少数民族星象者观察象的专门机构。设司的机构有司农司，设司农、卿、少卿，掌管农桑、水利及赈济。(今北京)留守司，设留守、同知、副守，掌守卫京城。
元朝方有两系统，一是行省系统，一是土司系统。
行省，即行中书省，简称省。元朝城，称河北、山东、山西“腹”，直属中书省管辖。腹外，分设岭北、辽阳、河南、陕西、甘肃、四川、云南、湖广、江西、江浙等十行省。“省”，最初是官署名，中书省。行省是中书省分的方最高一级行政机构，设官同中书省，亦有丞相、平章、右左丞、参知政、郎中、员外郎、等。制度是从金朝的，金朝叫行尚书省，是临的，不常设；元朝定型常设的机构。，行省又演化行政区的代名词。明、清候，行省官署名不复存在，但行政区的代名词则沿。行省是路、府、州、县。路分路路，满10万户路，不及10万户
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