在所有的国功臣中，武将徐达功劳最，文官则数李善长最有功。李善长在国册封位居六公首，又中书省左丞相，统领中书省日常务。虽李善长已辞官年，但他仍是淮西勋贵的顶梁柱，朝中臣有什疑难，喜欢找李善长商量再决定，比徐达，李善长朝廷的威胁更。
实，在功除掉徐达的同，朱元璋一直思考着何除掉李善长。是朱元璋明白，徐达比，李善长棵老树的根更深、枝更茂，搬倒他，需费一番工夫，仔细计划。
洪武十八年，就在徐达死的一年，忽有人报告朱元璋，说李善长的弟弟李存义父子曾经胡惟庸相互勾结，准备谋反。
朱元璋听件不禁喜望外，认搬倒李善长的机了，他决定亲提审李存义父子。
“说说吧，你是准备怎谋反的？”朱元璋李存义说。
“皇，该说的我已经说了。”原在此前刑部已经审了李存义。
“李善长知吗？”朱元璋继续问。
“皇，兄完全不知情，望皇明察。”李存义答。
朱元璋岂肯就此罢手，他明白果真有的情，他不不征求李善长的意见。“老实代或许有一条生路，不刑，你什代的。”
李存义已经领教刑部刑的厉害，知己熬不。不现在就招了，说不定皇恩真免己一死。
“皇英明，兄的确知此。”李存义说。
“说说底是怎回吧。”朱元璋不紧不慢说。
“胡惟庸造反，因我他是儿女亲，就让我说服兄。兄听说很是吃惊，说谋反是灭九族的勾，坚决不同意。了一段间，胡惟庸又派兄的一老朋友杨文裕劝说，说定封兄九千岁，与胡惟庸共同治理国。兄仍是不肯，但言语间颇有些动摇。”李存义说。
“那呢？”朱元璋生气问。他待李善长不薄，不敢李善长真反。
“胡惟庸劝不动兄，便亲登门求。兄仍是不许。兄提此曾我说：‘我老了，等我死，就随便你折腾吧，反正我不了。’”李存义继续说。
“李善长的胆子，立马让他见我。”朱元璋愤怒命令。
等李善长带，他已是吓迈不步子。刚一见皇，便瘫倒在：“皇，那是臣一糊涂才听了胡惟庸那人言。请皇恕罪。”
朱元璋虽是气愤，但脑子很清醒。他明白，仅靠李存义的几句供词是扳不倒李善长的。况且今徐达刚死，果再杀李善长，怕引老臣的猜疑。现在不他放回，等掌握了足够的证据再杀他不迟。
“咱知你李善长咱是忠一片，李相国怎胡惟庸人狼狈奸呢！次的情咱就不再追究了，你回你的杭州养老吧。”朱元璋笑笑说。
李善长今早已习惯了安稳的日子，握不了朝中的形势，更揣摩不皇的思，皇念其功高，不拿己刀。听皇不治己的罪，是连忙俯身谢皇，便又高高兴兴回杭州了。
朱元璋的“不治罪”果麻痹了李善长。他回杭州丝毫有收敛。洪武二十三年（1390年），七十七岁的李善长扩修宅院，因工匠不够，竟向信国公汤借兵勇三百。
汤一向人谨慎，早早便辞官回了凤阳老。徐达的死使汤已隐约感了山雨，所行更加。他给李善长回信说，己已经有了军职，身边有几随从，并有余的兵勇借给他。
回完信，汤仍是不踏实。他明白现在皇是杀人，那需他说一句话，有有罪倒不重。所己一定不让皇抓任何柄，让皇知己已是一胆怕、安分守己的民。是连夜写了份奏折，情况向皇汇报了一遍。
皇完汤的奏折，哈哈笑，太子朱标说：“你，我年英勇无比的汤帅，现在竟变婆婆妈妈，点向咱呈折子。不，果我的国功臣像汤帅一安安稳稳日子该，那我就放了。”朱元璋很高兴汤已经变了温顺的百姓，同李善长的兴土木深恶痛绝。
不久，李善长妾的哥哥丁斌因仗着李善长的势力胡非，致伤了别人命，获罪入狱。不知危险即将临的李善长在妾的怂恿，向官府施压，命他放了丁斌。恰此又被盯着李善长的锦衣卫报告给了朱元璋。
朱元璋听说此，万分愤怒，骂：“你李善长，你凭什让我的官员放人？不杀你，理何存！”是命人丁斌押解进京，朱元璋准备亲审理他。
丁斌在朱元璋的暗示，招李善长与胡惟庸往密切，并密谋造反。随，在暗示，李善长的几仆纷纷告李善长胡惟庸的谋，并说李善长向汤借兵三百是试探汤的态度何，有有拉拢汤共举。一间，诸文武纷纷参奏李善长。
朱元璋眼机熟，是旨李善长打入牢，听候处置。
太子朱标求情：“父皇，古治者无不德治国。请问父皇今你杀罚此重，今有谁肯做官呢？李相国我明国一贤才，果你杀了他，怕令士子寒啊！”
“标儿，你怎就不明白呢？咱杀了人，无非是给你一安稳的明王朝。你格软弱，满朝的功勋你何驾驭了？今我他一给你除掉，咱才放朱的基业给你啊。”朱元璋不是不知杀罚太重群臣思变，是面一仁弱的太子，他有更的选择。
日早朝，御史进言：“皇，昨夜臣夜观象，现西南有流星陨落。据史书记载，预示着有臣即将获罪身亡。”
朱元璋立即身：“连难容李善长。”群臣立即附。
是在洪武二十三年，朱元璋旨，说李善长身皇亲国戚，明知胡惟庸谋反，竟不举报，真乃罪恶极，逆不，命将其兄弟二人两共七十余人全部处死。
走在刑场的路，七十七岁的李善长终明白，皇无论何是不放己的，他找各理由置己死。惜，些理李善长在锦衣玉食的生活中是不体的。同，李善长不禁佩服朱元璋。他果己了皇帝，难容一像己的李善长的存在。
李善长虽被翼翼处死，但它引的余震仍远远超了朱元璋的象。太子的话错，李善长的死震动了满朝的士子。一年有人替李善长书喊冤，其意致：李善长皇忠耿耿，生入死帮皇了，论功应排在首位。况且李善长又是皇亲国戚，说他谋反，证据不足，说他辅佐胡惟庸，则错特错。李善长贵国一功臣，即使助胡惟庸了，胡惟庸又给他什呢？说流星陨落杀臣应象，则更不取。臣害怕人听说此，说李善长立此功劳却落此场，致人离散。现在李善长已经死了，说些什意义，盼皇您引戒，鉴将。
朱元璋完，觉己确实有负李善长，且他的全杀了，己的确无话说，就不再怪罪写篇文章的人。
徐达、李善长死，朱元璋又杀了一批国功臣，些勋旧的威胁终解除了。但朱元璋认朝廷的问题并有解决，其中最突的问题：一是官员玩忽职守、贪污腐化；二是军官居功傲、不听调遣，它一直在明王朝中存在着。