1206年，吉思汗(公元1162—1227年)统一蒙古各部，在蒙古高原建立了蒙古国。在统一蒙古各部频繁的外战争中，蒙古国逐渐形了一套具有己特色的兵制。
蒙古军的最高统帅是汗。汗面有宗王、万户长(蒙古语称“土绵那颜”，“那颜”意“官人”)、千户长(蒙古语称“敏罕那颜”)、百户长(蒙古语称“札温那颜”)、五十户长(蒙古语称“塔宾那颜”)、十夫长(又称牌子头，蒙古语称“阿儿班那颜”)等各级指挥官。
蒙古国军队主由蒙古军汉军两类组。蒙古军按十进制编组十户、百户、千户。千户是蒙古军的基本编制单位。一部分千户分属宗王(吉思汗族员)，其他千户分编左右两翼军，由左右翼万户长分掌。在战争中陆续被蒙古征服的中亚各族人(统称“色目人”)编入蒙古军中。
蒙古军平分布在草原放牧，战集中。但战争的展，需有一支军队戍守在已占领区，是从各千户中签部分士兵，组专镇戍的军队，称探马赤军。由蒙古人不愿意远离草原长期在生活环境不适应的区战镇戍，所在选调探马赤军，各千户往往隶属蒙古军籍或沦属人口的外族人充任，造了探马赤军复杂的民族份。探马赤军被派镇戍，仍与蒙古各千户保持着密切关系，属蒙古军系统。
了保卫汗安全，吉思汗从各千户中选调了一万名精兵组汗卫队，蒙古语称Kesig，汉语译怯薛。怯薛士兵分编宿卫千户、箭筒士千户散班八千户，平分四班轮流宿卫汗营帐(称四怯薛)，战则随皇帝征，是全军的中坚力量。
汉军是蒙古进入中原区招集中原各族人民编的军队，主几渠：(1)金朝末年中原区现的守土保的方武装，陆续在首脑人物率领投附蒙古政权；(2)蒙金战争中投降蒙古的各军队，中(今北京)的糺军、北京(今辽宁宁城县西)的契丹军等；(3)窝阔台汗朝(公元1229—1241年)，蒙古在中原汉人民户中签的士兵，数量在10万人。此外，汉军中有一部分降附蒙古的南宋军队。蒙古国期，汉军的总数约在30万人左右，蒙古军的数量。
汉军的编制编千户万户。各汉军万户所统人数不等(蒙古千户是此)，者五六万，者不二三万。汉军的万户长由蒙古汗指定。汉军万户长设立统军元帅，由探马赤军将领担任。蒙古军征，元帅接受汗指定的蒙古亲王、万户长、千户长等前线指挥官的调遣。
蒙古国在蒙古区实行的是全民皆兵的兵役制度。蒙古各部年男子(15岁70岁)有服兵役的义务，不管其贵贱，不论中人口少。他平进行牧业生产其他活动，一旦有战争，就根据汗的需，或者“空营帐”，举国皆兵，或者抽调其中一部分人征，被抽调者的奴仆随军行动。15岁的少年有从军，使其从熟悉征战。蒙古语称些少年战士“怯困军”(意渐长丁军)。
汉人区则实行指定一部分人户兵的征兵制度，变世兵制，凡列入军籍的人户世代兵。
蒙古军的勤管理制度主是设立“奥鲁”。奥鲁是蒙古语Aurug的音译，原意“老营”、“营盘”，既指军属，又指管理军属的人。奥鲁的职责是保证征军队的食宿供应管理军人属。蒙古军(包括探马赤军在内)征，在统兵官设置奥鲁官，管理随军征的军人属。汉军万户设奥鲁官，管理军人属及征军队准备武器粮草。
蒙古建国，吉思汗巩固统治，颁布了一系列法令(蒙古语称“札撒”)，其中不少是关军的内容，包括万户长、千户长、百户长的选条件职责范围，有战场纪律的规定军队组织的约束。违反军法的人有三处理办法，一是财产抵罪；二是罚敢死队，战功抵罪；三是即处死。
忽必烈(元世祖，公元1260—1294年在位)在1260年即汗位，始采汉族主阶级的统治方法，并在1271年正式改国号元，1279年灭南宋统一中国。元朝建立，忽必烈进行了军政制度改革，建立了一套比较完备的军制度。
忽必烈即位，加强中央集权，改变了蒙古国期汗、宗王、万户长、千户长等一统底元帅节制汉军的领导体制，在中央设枢密院，负责调管理全国军队、筹划军部署铨选武官，及军队提供勤保障。中书省设立兵部，负责马政军通讯。另外实行宗王镇制度。
枢密院初设中统四年(公元1263年)，置枢密使、副使、佥〔qian千〕书枢密院等职。增设知枢密院、同知枢密院等职。枢密使一般由皇太子兼任，知枢密院(简称知院)则是枢密院实际最高长官。知院同知必须由蒙古人色目人担任，副使才参汉人。
枢密院向皇帝奏报军情务，一般情况不经中书省。重的军决策，皇帝召集中书省御史台等中枢机构官员与枢密院官员一同商议。元朝皇帝每年夏季赴(今内蒙古正蓝旗东闪电北岸)避暑，枢密院官员随行，留副使或佥院一二员(今北京)，暂管枢密院务。重公文军情报告转送，由跟随皇帝的院官处置。果生突变，留守的院官调动军队采取紧急措施。
了保证驻在漠北草原的各部分蒙古部落的军政统一，忽必烈取消了蒙古左右翼万户长，各蒙古部落的千户长直接听命枢密院。中央派一名知院长年坐镇漠北，就处理军务。
元朝实行宗王镇制度。蒙古国期分封的蒙古宗王，有直属的蒙古千户封。忽必烈此加改革，将几儿子分派漠北、陕西、云南、吐蕃等镇宗王，不再封给他蒙古千户土，授予节制军队的权力，战军队的最高指挥官。镇漠北的宗王，位在坐镇漠北的知院。元朝中期，在鄂州扬州等有宗王镇。
元朝的方指挥系统。在南宋战中，忽必烈设置了行枢密院行中书省，负责指挥军队战镇戍方。全国统一，行枢密院相继撤销，在全国设立河南江北、江浙、湖广、江西、四川、云南、陕西、甘肃、辽阳、岭北10行省。各行省设平章二人，负责一省的军政务。平章一般由蒙古人充任，有色目人，汉人不充。行省设万户府、元帅府等军机构。在远离行省中的区或少数民族聚居区，设立宣慰司元帅府，掌军政民政。各行省军队的调动，必须有枢密院传旨。果生战乱，先由枢密院传旨所在行省平章，派兵镇压，一省力量不够，则传令附近行省兵剿。有，在战频繁的区设立行枢密院，临提调从各省调的军队，战争结束则撤销。
元朝军队分中央宿卫部队方镇戍部队两部分。宿卫军由侍卫亲军怯薛组。侍卫亲军组织始建中统元年(公元1260年)。一卫军组织称武卫军，兵员三万人左右，中原各汉军万户属的军队。又改名左、右翼侍卫亲军，左、右、中三卫。至元十六年(公元1279年)，南宋灭亡，忽必烈调整军队部署，增加侍卫亲军兵力，将三卫军扩充前、、左、右、中五卫，又增设武卫、虎贲卫、忠翊卫、海口侍卫等卫军机构，汉军主体，称汉人卫军；将原隶属蒙古军籍的色目“诸国人勇悍者聚亲军宿卫”，先设立了唐兀、钦察、贵赤、西域(又称阿尔浑)、阿速、隆镇、龙翊、斡罗斯等卫军机构，称色目卫军。部分蒙古探马赤军人从草原流散的蒙古人口，被编入侍卫亲军组织，设立蒙古侍卫与宗仁卫等机构，称蒙古卫军。此外，在东宫(转给宫或枢密院)设立了几卫军机构。元文宗，卫军的总人数在20—30万间，汉军兵约占2/3。
侍卫亲军由卫指挥使司掌管，除东宫卫军外，均隶属枢密院。
怯薛由怯薛长掌管，负责皇帝安全，一般不征战。侍卫亲军既负责、两城的安全“腹”(中书省直辖的区，包括今河北、山东、山西及内蒙古部分区)的镇戍，又随准备征或镇压人民义。由侍卫亲军的士兵是各军中选的精锐，所侍卫亲军的战斗力较强，是元朝军队的核，代替了蒙古国期怯薛的位。
方镇戍军由驻牧在草原的蒙古军分散在全国各的探马赤军、汉军新附军(原南宋军队)构。蒙古军探马赤军骑兵主，汉军新附军步兵主。另外有炮军水军。
蒙古军仍保持着有战传檄集合，平散归各部的习惯。千
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