咸康八年（公元342年）六月，帝病重将死。执掌朝政的中书令、帝舅庾冰，恐帝的儿子继位，他的亲属关系将疏远一层，使其权力削弱，因此打算让帝的同母弟继位，他的帝舅身份不变，在朝廷中的权势位即稳固无虞。是，他再三强调，国面临强敌，宜立年长君。帝的儿子皆在童稚，就被排除在继承人外了。庾冰请帝同母弟司马岳帝位继承人。中书令何充反，说：“父子相传，是千古定规。一旦改变，酝祸乱。”庾冰不听。朝廷按庾冰的意旨，诏立司马岳皇位继承人，庾冰、何充顾命臣。几，帝病死，司马岳继位。何充因在立帝问题与庾冰有隙，司马岳继位，动请求外徐州任刺史。
康帝在位的短短两年间，重的国是舅庾翼未功的北伐。此北方与东晋并存的政权中，赵石虎最凶暴。石虎了掠夺江南财富，打算亲率六军，讨伐东晋。他令征民丁，5人一辆车、两头牛、15斛米、10匹绢。办不的一律斩首。逼百姓卖儿鬻女供军需，实在无力办的，往往己吊死树，令人惨不忍睹。
，东晋庾冰、庾翼兄弟控制朝政，庾亮死，庾翼督江、荆、司、雍、梁、益六州诸军、安西将军、荆州刺史，代替庾亮镇守武昌。庾翼有志功名，收复失己任，率众北伐石虎，庾冰亦赞同。庾翼遂派人东约燕王慕容皝，西约张骏，定期举征伐石虎。他令征所统六州奴及车牛驴马，引百姓怨愤。康帝遣使他停止，但庾翼违诏，擅兵4万，建元元年（公元343年）九月武昌。康帝在庾冰的授意，不已诏加庾翼督征讨诸军，又命庾冰督荆、江、宁、益、梁、、广七州诸军，领江州刺史，镇武昌，庾翼继援。征徐州刺史何充领扬州刺史、录尚书辅政。琅邪内史桓温督青、徐、兖三州诸军、徐州刺史。褚裒卫将军、领中书令。
，石虎在加紧征兵。建元二年（公元344年）正月，赵诸州集兵百余万人。但因石虎颇信巫术，因太史令占卜说不宜南行，石虎便停止了向东晋的规模进攻。
同年九月，23岁的晋康帝有北伐取进展，即因病死，葬崇平陵。