明使团在马尼拉足足修整了二十，等全员身体精神状态基本恢复，方智、郑芝凤方才与张文耀等人告别，拔锚航向明返航。
崇祯十四年十一月初九日，船队在北海舰队派的几艘战舰的护卫抵达津卫码头，在离明五年终回了故土。
踏码头的那一刻，恃志坚定的方智不禁双眼湿润，随船的使团员中，有的人则是放声哭，但更人则是欢呼雀跃着，表达着回故乡的那激动的情。
十，回京师的方智郑芝凤奉诏入宫觐见，陪同他一入宫的有温体仁、孙传庭、陈奇瑜及礼部尚书邹维琏、鸿胪寺卿李进番等相关人员。
虽朱由检已明令废除了叩首礼，但首次觐见颜的方智郑芝凤，依旧是坚持着行了三跪九拜的礼。
尤其是方智，一介白身直接被擢礼部侍郎衔使欧洲，的恩遇说是古罕见，尤其是在他知名气并不的情形，骤有此荣耀加身，等同再造的知遇恩，是他无论何感激涕零的。
“方卿、郑卿且！
卿二人在明知前路吉凶未卜，甚至随极有葬身鱼腹危，依旧毅奉命横跨数万洋，率团访极西欧洲诸国，其坚毅、勇任担，办差力，实官员楷模！
朕二位卿此行诸表现极满意！
望二位卿今戒骄戒躁，始终保持此优良风，将此风格贯穿始终，在本职中充分扬光，建设一崭新明做更贡献！
二位卿欧洲行有何法，现致讲说一番。
方卿，你便代表郑卿讲一讲吧！”
朱由检打量着方智位世传颂的名人，头不禁暗叹：“果是盛名无虚士！”
此次欧洲行的所见所闻，方智做了详细的笔录，欧洲各国的风土人情及所的国情政有描述，并在其间添加了己的思考评论，谓是十分至。
本达十几万字的游记体的著，朱由检已经在数日内浏览完毕，并且现在欧洲各国的概况有了一致的了解认识，本笔记说是相珍贵的资料，明制订相关政策有着很的借鉴。
极其认真敬业的态度，是明官场所需的。
“微臣等愧不敢！
若非圣君在位，臣与郑鸣山此生怕是绝无机有此见识。
臣等愿此行所获有助我皇明日展。
他山石攻玉。
此次欧洲行，臣等认识是此，有诸国在某些方面建设中，是有许值借鉴的方。
比欧洲几强国所建立，其人师者所教授知识，俱是日常实主，许工具若是我皇明力推广，我国国力提升是有相裨益。
若非圣此明睿智，臣等是一直，我煌煌明，乃是全方位领先，并且不管少年月，始终保持此等优势。
但臣等在游历诸国，似有所感，是照此境况展，欧洲一些国，诸法国、普鲁士国等，很在不远将，在国力超越我国。
臣观欧洲诸国行，皆强者尊，举国皆物质财富尊：无论你是何获取财富，众人是讲结果，不计较程。
此等行举，实与强盗无异，与我华夏国千百年倡导仁义礼智信截不同！
臣观此亦是生隐忧。
若有朝一日，欧洲些许国国力强盛，说不便觊觎我国财富，若其凭强横武力犯我，最终结局何实是难预料！”
感受朱由检己既欣赏又亲切的态度，方智头的一丝拘谨与忐忑瞬间消失的无影无踪，是他接着朱由检的话题，洋洋洒洒表了长篇论，昭仁殿中端坐的温体仁等人有的在凝神静思，有的则是流露不的神情。
“善！”
方智讲完，朱由检不禁拍手赞。
果说徐光启是明睁眼世界的一人，那在位名臣离世，经此次欧洲行的锻炼，方智将世无愧的明外一人。
朱由检获悉，方智了够更与欧洲各国政流接触，在近五年的间，已经了法语与葡萄牙语，在平够较熟练法语与笛卡尔流，语言的沟通促使两人的关系迅速提升。
工善其必先利其器。
方智态度值予特别的夸赞。
“方卿述言论甚合朕意！
方卿诸细节中察端倪、识趋势，此思远超诸世人！
卿，接我明该采何举措加应？”
在稍微夸赞几句，朱由检提了己的问题。
他现在非常期待方智提的解决方案与己高度契合，那的话，己的计划就增添更强的主动力。
“启奏圣，臣，我皇明若不被赶超，那就其重视实人才培养方法。
臣建议设立专门堂直至，从幼童少年中掘并培育人才，教授其数等相关知识，与欧洲相关方面进行合流，并将其定长期策，不因一败止步不前。
长此往，我皇明焉有不强理！”
方智从容施礼给了己的答案。
“甚！
卿愿意担此重任？”
方智的回答让朱由检非常满意，与他创立皇理工院的思路完全一致。
“若遂君王志，臣愿毕生投入此！”
方智躬身慨。
“！
方卿不知，朕已创立皇理工院，其目的与卿别无二致！
既是卿愿意国育才，那院祭酒位便是卿的！”
方智、郑芝凤陛见数日，圣旨。
方智礼部尚书衔任皇理工院祭酒。
鸿胪寺卿李进番调任礼部左侍郎一职，其职位由郑芝凤礼部侍郎衔接任。
与此同，鸿胪寺升格正三品衙门，署衙所需人才及职官升擢，由吏部及鸿胪寺堂官议定。
访欧洲使团员中病殁者入英烈祠祭祀，有亲属者领烧埋银五百两；使团官吏均升两级，担任使团护卫的锦衣校尉同例。
选派留的孤儿进入理工院继续习，照顾他的护从全部转院吏员，俸禄照其他衙门人员例放。
方智、郑芝凤的正妻均获五品宜人封赠，其余人等每人赏银一百两。