既人本具有智慧觉悟的本，是什迷失本不觉悟呢？禅宗从佛与烦恼的关系回答问题。他认，人本具有佛教觉悟的智慧，它就是人的本；智慧觉悟的本本清净，但是它被人中的烦恼妄念所掩盖，是人便迷失本的众生，不现实的佛。慧清净的本比日月常明，烦恼妄念比乌云蔽日，它使本明亮的日月不显现。所谓烦恼妄念掩盖了智慧本，就是说烦恼妄念是妨碍人觉悟解的理障碍，因此必须加克服。
在禅宗，智慧本与烦恼妄念相即不离，二者同集人，但是前者不生不灭，者生灭变幻，因此烦恼妄念是克服的，无论人中充满少烦恼，不改变人智慧觉悟的本。慧说“即烦恼是菩提。前念迷即凡，念悟即佛”；“色身中邪见烦恼、愚痴迷妄，有本觉”。就是说觉悟的本就在烦恼妄念中。尽管二者相即共在，但它的质完全相反：佛智慧是真实的本体，烦恼妄念是虚假的现象。什呢？因智慧本是清净的，清净就意味着无相，“体清净，是无相体”；“净无形相”，“无相”就是有任何具体的相状，“清净”是无相的比喻说法，比一无色透明的物体，人无法说它是黑的是白的、红的是绿的，等等。所谓佛（本）清净无相，就是说佛有任何具体的规定；果从生灭的角度说，佛就是无生无灭、常住不变的实体。所慧的弟子神说：“佛体常故，非是生灭法。”与此相反，烦恼妄念随生随灭、变幻不已。他认佛像虚空，烦恼同明暗，“明暗有，虚空无”，就意味着生生灭灭；二者又比金属与矿石，“金与矿，俱生。遇金师，炉冶烹炼，金与矿，别。金既百炼百精，矿若再炼，变灰土”。佛与烦恼的关系是此，佛常住不变，烦恼变纪不居。佛教无生无灭（常）做真实的象征，生灭无常虚假的标志，所禅宗说佛不生不灭就意味着佛是真实的本体，说烦恼有生有灭就意味着烦恼是虚假的现象。神认人中真实的方面就是根本的，虚假的方面则是派生的，所说：“不生不灭故，称常；常故，称本。”既佛是根本的，所它“本有今无”，即本具有被“烦恼盖覆不见”；既烦恼是派生的，所它“本无今有”，即本有生。就表明，无论人中充满少烦恼，改变不了智慧觉悟的本；无论烦恼深重，人将它克服。