清军至八月底，共攻克十二座城池，五十余战战战皆胜，劫获人畜近二十万，就有财物无数，明的勤王军连续，阿齐格顾虑同的薛军横插一杠子，九月一日，携带掠获的二十万人畜及其批物资从容冷口，他砍木头，写“各官免送”字扔路旁，戏谑明朝文武官员。
批的人畜物资了四才全部走关外，明军怯战怕中清军诱敌圈套，眼睁睁着清军满载归，清军关，兵部尚书张凤翼装模的向崇祯报告：“斩敌三级”，朝廷言官纷纷书弹劾张凤翼，张凤翼知必遭重罪，深恨官军不肯命，不愿入诏狱服黄麻死军营。
勤王军中皆有功力，唯有远的四川石柱宣抚使秦良玉，崇祯皇帝喜剿贼累立战功，又肯数千远勤王忠嘉，晋封秦良玉一品夫人酬功，并亲制诗章特别的宠赐。
不阿济格有占太的便宜，有是螳螂捕蝉黄雀在，早就等在关外的薛军蒙古军一拥，硬生生从阿济格手抢人畜物资，一般常识撤退应该精兵殿，阿齐格竟将辎重放在面，己率领精锐前行，薛军蒙古军杀，阿济格眼睁睁着己抢的人畜物资被抢劫一空。
阿济格惧怕薛军竟不敢回军战，任由薛军蒙古军满载人畜物资归，阿济格带两的人畜物资返回盛京，皇太极知阿济格犯了兵忌，将骄傲轻敌的阿齐格狠狠训斥了一通，考虑是遇薛军，皇太极并有处惩阿济格，既抢明便宜不，皇太极贪婪的目光盯在了相邻的朝鲜国身。
崇祯皇帝重赏女英雄秦良玉，又目光放在了另一勤王将领右副御史兼湖广总督兵部侍郎卢象升，九月二十二日任命卢象升总督宣、山西军务，卢象升知总督宣、山西军务除同、绛州两，根本就是一半残的总督，卢象升求辞总督宣、山西军务一职，卢象升求跟崇祯面谈，有获崇祯皇帝的同意，是口谕卢象升相机处置同、绛州两的薛军。
卢象升垂头丧气的宣府任，不薛军很给卢象升面子，抢劫回的人畜物资送给卢象升处理，让卢象升非常意外，怀疑前朝廷薛军的政策有误，卢象升秉公遣送人畜物资，有让京畿的百姓再受一次伤，宣、山西区的气氛缓许，薛军卢象升在打着各的主意。
明朝有一件喜，就是陕西巡抚孙传庭在崇祯九年七月，陕西子午谷的黑水峪战中打了义军中势力最强的高迎祥部，并俘虏了闯王高迎祥，崇祯知高迎祥被俘的消息非常高兴，命令陕西巡抚孙传庭将高迎祥押往北京，并举行了的献俘仪式，仪式闯王高迎祥被凌迟处死。
原崇祯九年正月，农民军闯王高迎祥、闯将李率部东围庐州，取含山、州；农民军连营数十攻滁州，被右副御史兼湖广总督兵部侍郎卢象升率领边兵总兵祖宽、游击罗岱等败城东五桥，农民军战不利，连营俱溃，北退五十，被斩一千二百余级。
农民军屡战屡败，从朱龙关至关山，积尸埴沟委堑，滁水不流，农民军失利，北渡达泗州、徐州，农民军损失惨重，始分路向河南境内溃退，卢象升急速追入河南境内围剿农民军，农民军最逃入南阳府的内乡、淅川山中，三月中旬，闯王等又纷纷杀回陕西。
卢象升急速追入河南，布置各军围剿，一河南境内，杀声震，血横飞。农民军最逃入南阳府的内乡、淅川山中，卢象升奈何不。至此年三月，闯王高迎祥、闯将李等又纷纷杀回陕西。
不久建虏皇太极派罗武英郡王阿济格首领等统八旗兵十万伐明，明朝军的重转向京畿，右副御史兼湖广总督兵部侍郎卢象升挥师北勤王，三月由右佥御史顺府府丞孙传庭替代剿贼无功的甘阔任了陕西巡抚，崇祯皇帝回总算启了一文武全才的秦督。
孙传庭军、经济是行手，孙传庭主持陕西军务，不断扩充己的军力粮饷，在西安周围屯田二万余项，从两万官军中，选精锐士卒一万一千人，税银、粮食有所增加。
闯王高迎祥、闯将李逃回陕西，孙传庭与洪承畴进行了工分工，洪承畴重点付陕北一带的闯将李等部，孙传庭则重点付闯王高迎祥，高迎祥部退入陕南山区，由几年陕西、山西连年遭受旱灾、虫灾，生饥荒。饥民无粮，食树皮、草叶，树皮、草叶尽，乃人相食，甚有母烹其女食者，闯王高迎祥在陕南山区无处觅食，人饥马乏，摆困境，他决定走路进攻西安，给官军一突袭击。
谙熟兵法的孙传庭知闯王高迎祥部突消失，就猜高迎祥效三国蜀国将魏延计从子午谷奇兵，子午谷是秦岭六条连接西南的中最险峻的一条，历史次有兵企图偷渡，但却从有人功，孙传庭立刻做军部署，在闯王高迎祥部必经路周至县黑水峪设置伏兵，准备逸待劳歼灭闯王高迎祥部。
崇祯九年七月中旬，闯王高迎祥部果现在周至黑水峪，进入了孙传庭的包围圈，双方展了四的激战，此降雨，高迎祥部已经连续日断粮，人马处半饥饿状态，在战中渐渐招架不住，官军的包围圈越越。
关键刻闯王高迎祥部乾公鸡张二、一斗谷黄龙叛变。混乱中叛徒将高迎祥的部卒坐骑拉走，高迎祥被官军包围无法身，盔甲藏草丛，官军搜山将高迎祥生擒活捉。
孙传庭又乘胜在渭南咸阳北原打了两胜仗，一间是声誉鹊，威名甚至盖了总督洪承畴，高迎祥的败亡民军了震摄的，农民军首领张妙手、蝎子块向孙传庭投降，不久蝎子块复叛，被孙传庭安插的武定杀死，农民军高迎祥部实力最强的，蝎子块人数最的，两人死孙传庭手，农民军是一沉重的打击。
五省总督洪承畴的运气就比较差，刚刚接手付陕北一带的闯将李等部，宁夏镇士兵，因兵饷无措生兵变，饥兵群围攻官署。巡抚右佥御史王楫因不措饷，饥兵索饷无着鼓噪杀。
兵备副使丁启睿司熊海助率军镇压，捕获首者七人，立即处斩，兵变才被抚定，丁启睿叙功保举熊海参将，熊海与副将罗尚文击杀农民军整齐王商洛山中，五月，副将罗尚文击杀整齐王商洛山中。五月，熊海配合贺人龙又安定败李部，丁启睿在熊海身利不少，崇祯十一年冬，陕西巡抚孙传庭北勤王，丁启睿升任右佥御史，代孙传庭巡抚陕西。
李部在崇祯九年九月在汉中再次失利，逃入四川、陕西、湖北的崇山峻岭，李收罗高迎祥旧部称闯王，至崇祯十一年初才重回陕西。但不久李部在潼关一带连遭败绩，此年八月率残部躲入川、陕、湖广省界的山区，果不是陕西巡抚孙传庭北勤王，估计李难逃孙传庭的毒手。
闯王高迎祥、闯将李一死一败，崇祯皇帝加了张献忠、闻香教、建文裔“奉正义元帅”部，张献忠所部遂潼关东区官军攻击的主目标，张献忠所部转战湖北、河南、安徽，次打破官军围追堵截，入河南袭破许州，杀掉了左良玉的哥哥游击潘等人，缴获物资巨万，是张献忠独木难支，始跟官军媾，准备假招安欺骗朝廷。
闻香教虽有杭州薛军的武器支持，己控制的汝宁府资源有限，几年战，闻香教几乎无兵招，徐鸿儒现己被薛军了枪使，高迎祥、张献忠、李失利，河南官军副将陈永福、参将薛十三、客军参将薛综偷袭了闻香教城商城。
闻香教城商城被破，官军四处杀人放火，中兴福烈帝徐鸿儒从皇宫中逃，被参将薛十三追一阵混战，徐鸿儒虽武功高强，奈何不是铜筋铁骨，身中刀伤箭伤，被元帅徐三姐抢走，将军徐老七殿被薛综部斩泥。
崇祯九年十月十七日，中兴福烈帝徐鸿儒伤重毙命，元帅徐三姐收拾残部不足一万人，勤辎重属教民几乎损失怡尽，在颍被追的河南副将陈永福一阵厮杀，徐三姐带着三千轻骑逃往中凤阳府。
崇祯九年十月，福建参将郑芝豹援军，配合浙江、河南官军围剿“奉正义元帅”所部，三路军属河南方面的薛军最彪悍，薛十三、薛综新加入的薛博部，追着“奉正义将军”黄希达打。
黄希达虽拥有四万军队，面薛十三、薛综、薛博的八千人马竟七战七败，四万人马剩不足一万人，本营金华府被福建官军攻破，“奉正义元帅”白衣书生落不明，至此黄希达始在浙江打游击，有的黄子弟暗中联络主黄希圣。